中医药学院的前身是1952年创建的宝鸡专区中医进修学校，1966年更名为陕西省宝鸡中医学校，1997年更名为宝鸡市中医药学校。经过六十余年的风雨历程，学校不断发展壮大，为社会输送了数万名合格的中医药专业人才，学校先后获得“国家中医药管理局达标学校”、“陕西省重点中专学校”等荣誉称号。

2003年4月，经陕西省人民政府批准，宝鸡市中医药学校与市属其它五所中专学校合并组建宝鸡职业技术学院，2006年4月，更名为宝鸡职业技术学院中医药学部，2007年1月，撤部建系，成立中医药学系。2018年1月，更名为中医药学院。

全院现有学生1800余名，教职工67人。其中高级职称31人，“双师”素质教师42人，硕士研究生25人。拥有陕西省先进工作者1人，陕西省岗位学雷锋标兵1人，省级优秀教师2人、省级教学名师2人、省级师德先进个人1人，省级优秀辅导员3人，宝鸡市五一劳动奖章获得者2人，宝鸡市优秀科技工作者1人，国赛优秀指导教师1人。多位老师在全国多媒体课件大赛、微课竞赛中先后获奖。

学院目前开设中医学、针灸推拿、康复治疗技术、中药学、药学、药品经营与管理和智慧健康养老服务与管理等7个高职专业。其中“中医学专业、针灸推拿专业”为国家控制的医学类专业，学生毕业后具有参加执业医师考试资格；“针灸推拿专业”为陕西省重点专业；“康复治疗技术专业”在2010年10月被省教育厅确定为高等职业教育重点专业，2013年9月，被宝鸡市残联确定为宝鸡市残疾人康复人才培养基地，2014年7月被省教育厅确定为高等职业院校专业综合改革试点专业，2016年12月被教育部、中残联确定为全国职业院校残疾人康复人才培养改革试点，同时被省教育厅确定为高等职业教育创新发展行动计划骨干专业，2017年9月被省教育厅确定为陕西省高职院校一流专业培育项目，2019年中医学专业被确定为院级重点专业。

中医药学院建设有药学、康复、传统医学三个实训中心、20个实验实训室，校内实验实训设备总值730余万元，实训面积2400余平方米。其中，康复实训中心在2012年被确定为陕西省高等职业教育示范性实训基地。中药标本馆作为传承中医药文化的窗口，年均接待各类校外参访人员3000余人次以上。校外实训基地有附属医院1所，教学医院3所，实习医院16所，制药及药品经营企业7家。

中医药学院自成立以来，始终坚持“以就业为导向，以服务为宗旨”的办学方针，秉承“厚德载物，济世救人”的教育理念，大力弘扬中医药文化，注重素质教育，突出能力培养，教学成果显著。连续九届成功承办了陕西省高职院校技能大赛中药传统技能赛项并获得优秀组织奖，学生获得省赛一等奖24个，国赛一等奖1个，二等奖2个，三等奖5个。2019年承办了第四届全国职业院校康复治疗类专业学生技能大赛，获团体一等奖1个，个人单项一等奖4个。学生参加全国“互联网+”大学生创新创业大赛累计获国赛银奖1项，省赛金奖3项、银奖4项、铜奖4项。中医学01601班团支部被共青团中央授予全国“五四红旗团支部”。

中医药学院坚持以服务社会为己任，已成立“本草兴”中草药栽培科技帮扶志愿团、“杏林春”中医药文化宣讲团、“青囊”宝职健康行等多支志愿服务团队，积极开展中草药种植技术指导，中医药文化科普、健康义诊等社会公益活动，服务区域群众健康和经济社会发展。连续五年承担了陕西省乡村医生中医专业中专学历培训任务，为宝鸡、杨凌、咸阳、安康、汉中等地区培养了近千名乡村医生。连续三年举办了宝鸡市残疾人康复人才培训班，为各县区培训残疾人康复人才300余名。李炳生老师创办的“秦岭中草药引种栽培咨询中心”，先后指导宝鸡西山地区建成8万余亩柴胡种植基地，指导太白县建成万亩秦艽种植基地和万亩山茱萸种植基地，在陇县东南镇指导引种丹参270余亩，与宝鸡市太白县桃川镇白杨塬村、凤县唐藏镇倒回沟村共同建设“五味子育苗种植推广科技示范基地”，产生了良好的社会效益和经济效益。2021年9月，“本草兴”中草药栽培科技帮扶志愿团被陕西省教育厅认定为省级终身学习品牌项目。